=== Amber 9 ===
== Installazione e configurazione ==

scp amber9.tgz andrea@tartaglia.units.it:/home/andrea\\
scaricato da http://amber.scripps.edu il file bugfix.all ed installato con: \\
cd $AMBERHOME\\
patch -p0 -N -r patch-rejects < bugfix.all\\
scp bugfix.all andrea@tartaglia.units.it:/home/andrea\\
mkdir /prodotti/amber9\\
mv /home/andrea/amber9.tgz /prodotti/amber9.tgz\\
mv /home/andrea/bugfix.all /prodotti/amber9/bugfix.all\\
gunzip -c amber9.tgz | tar xvf -\\
module load /csia/modules/amber/amber (x configurare l'ambiente – nota: x scaricare tutto: module clear)\\
\\
\\
contenuto di /csia/module/amber/amber:\\
#%Module\\
# Mez\\
# Tue Nov 09 10:00:00 CET 2007\\
\\
setenv AMBERHOME "/prodotti/amber9"\\
prepend-path PATH /prodotti/amber9/exe\\
module load /csia/modules/openmpi/intel\\
setenv MPI_HOME "/opt/openmpi-1.2.1/intel"\\
setenv MKL_HOME "/opt/intel/mkl/9.1.021"\\
prepend-path LD_LIBRARY_PATH /opt/intel/mkl/9.1.021/lib/em64t\\
\\
\\
yum install byacc\\
cd /prodotti/amber9/src\\
./configure ifort_x86_64\\
\\
== moduli seriali ==
make serial\\
Per testare l'installazione:\\
cd $AMBERHOME/test\\
make test.serial\\
\\
== moduli paralleli ==
modificato il file /prodotti/amber9/src/configure; aggiunto “-I$MPI_HOME/include” alla riga  fflags=" -w95 " della sezione ### EM64T Intel compilers;  ### paragrafo “ifort_x86_64)”\\
da utente fermegli:\\
cd /prodotti/amber9/src\\
./configure -openmpi -opteron ifort_x86_64\\
make parallel\\
cd /prodotti/amber9/test\\
export DO_PARALLEL="mpiexec --mca btl ^openib -n 4" (senza infiniband, su 4 cpu)\\
make test.parallel\\
\\
copiare la dir /prodotti/amber9 su tutti i nodi:\\
cd /prodotti/\\
tar -cvf amber9.tar amber9 \\
mv amber9.tar /scratch_gl\\
cluster-fork tar -xvf /scratch_gl/amber9.tar -C /prodotti\\
\\
== installazione pmemd ==
loggarsi con user fermegli\\
cd /prodotti/amber9/src/pmemd\\
module load openmpi/intel\\
modificare il file config.h come sotto:\\
\\
IFORT_RPATH = /opt/openmpi-1.2.1/intel/lib:/opt/intel/fce/9.1.036/lib:/opt/intel/cce/9.1.042/lib\\
#MATH_DEFINES = -DMKL\\
#MATH_LIBS = -L/opt/intel/mkl/9.1.021/lib/em64t -lmklem64t -lpthread\\
MATH_DEFINES =\\
MATH_LIBS =\\
FFT_INCLUDEDIR =\\
FFT_LIBDIR =\\
FFT_DEFINES = -DPUBFFT\\
FFT_INCLUDE =\\
FFT_LIBS =\\
NETCDF_HOME =\\
NETCDF_DEFINES =\\
NETCDF_MOD =\\
NETCDF_LIBS =\\
MPI_HOME = /opt/openmpi-1.2.1/intel\\
MPI_DEFINES = -DMPI\\
MPI_INCLUDE = -I/opt/openmpi-1.2.1/intel/include\\
MPI_LIBDIR = /opt/openmpi-1.2.1/intel/lib\\
#MPI_LIBS = -L$MPI_LIBDIR -lmpi -lorte -lopal -lutil -lnsl -lpthread\\
DIRFRC_DEFINES = -DDIRFRC_EFS -DDIRFRC_NOVEC\\
CPP = /lib/cpp\\
CPPFLAGS = -traditional -P\\
F90_DEFINES = -DFFTLOADBAL_2PROC\\
\\
#F90 = ifort\\
F90 = mpif90\\
MODULE_SUFFIX = mod\\
F90FLAGS = -c -auto\\
F90_OPT_DBG = -g -traceback\\
F90_OPT_LO =  -tpp7 -O0\\
F90_OPT_MED = -tpp7 -O2\\
F90_OPT_HI =  -tpp7 -xW -ip -O3\\
F90_OPT_DFLT =  $F90_OPT_HI\\
\\
CC = gcc\\
CFLAGS =\\
\\
#LOAD = ifort\\
LOAD = mpif90\\
LOADFLAGS =\\
LOADLIBS = -limf -lsvml -Wl,-rpath=$IFORT_RPATH\\
\\
lanciare il solito "make install"\\
procede la compilazione e viene creato l'eseguibile: /prodotti/amber9/exe/pmemd\\
\\